I lavori di restauro dell'organo Petrus de Simone, eseguiti dalla ditta organaria Brondino Vegezzi-Bossi sono stati eseguiti a partire dal 2006 e terminati nel 2009.

In precedenza l’organo presentava grossi difetti dovuti all’usura. Inoltre, la fisionomia dello strumento era profondamente differente in seguito a pesanti e scorrette manomissioni subite in epoca recente, che ne avevano alterato le originali caratteristiche di costruzione:

1. le file del ripieno erano raggruppate in un unico comando azionabile mediante un pedaletto;
2. erano state eliminate la zampogna e l’uccelliera, originariamente presenti;
3. il comando dei registri, costituito da pomelli in legno di fattura novecentesca, era stato spostato dalla sede originale e posto sopra il frontalino della tastiera;
4. tastiera, pedaliera e manticeria non originali, di fattura novecentesca.

Il somiere, il crivello e il materiale fonico, invece, sono completamente originali. La disposizione fonica è stata riportata a come in origine. L’intento primario dell’intervento di restauro, dunque, è stato di natura filologica poiché, oltre alla pulizia e al ripristino delle strutture usurate, si è provveduto a riportare l’organo alla fisionomia originaria, così come era stato concepito e costruito in età settecentesca.

A seguito del restauro, dopo decenni di silenzio, l’organo ha avuto diverse occasioni di far sfoggio della sua voce durante il concerto di collaudo tenuto dalla prof.ssa Margherita Quarta, curatrice del restauro e il concerto di inaugurazione tenuto dall’organista croata Ljerka Očić. Altri importanti concerti sono stati tenuti dal M° Mons. Vincenzo De Gregorio, dalla prof.ssa Grazia Salvatori e dall’organista svizzero Livio Vanoni.